Una parte clave de la actividad de la Fundación Luis Vives la constituyen un grupo de actividades orientadas a la introducción de mejoras en los sistemas, técnicas y procesos de gestión de las entidades. Estos programas se basan, en general, en el trabajo directo e individualizado con las organizaciones, de manera que las herramientas y recomendaciones resultan totalmente adaptadas a las entidades beneficiarias.
En este ámbito se realizan, principalmente, cuatro grupos de programas: